Los primeros habitantes de los que se tiene constancia fueron los twa. También los hutu estaban bien asentados en el país cuando en el siglo XV los tutsi invadieron el territorio, gobernándolo durante más de 400 años con un sistema monárquico y llevando a la esclavitud a la población indígena. Tras estar bajo la dominación alemana primero y la administración belga después, en 1959 una revolución hutu derrocó al gobierno y sometió el país hasta la insurrección de los tutsi en 1990 provocada por los refugiados en Uganda.
Desde esa época, Ruanda ha sufrido enormemente a causa de una guerra civil. Un acuerdo de paz firmado a mediados de 1993 puso fin a las luchas, que sin embargo se retomaron poco después.
Se estima que desde el inicio de este conflicto han muerto más de 500.000 personas y más de 2 millones se han refugiado en los países vecinos. En 1995 entró en vigor una nueva constitución, pero el país no ha conseguido todavía recuperarse y la violencia interracial aún es frecuente.