La región de los lagos de África central siempre ha sido una encrucijada de invasiones bantú y de la estirpe de los nilotiche. En el siglo XV, ambos se fusionaron y dieron origen al reino de Bunyoro.
Desde 1896, después de una guerra civil, la mayor parte de la actual Uganda pasó a estar bajo el protectorado inglés. En 1955 comenzaron las reformas constitucionales que llevaron a Uganda a la independencia, y en 1962 Gran Bretaña lo reconoció como un gobierno autónomo, en el ámbito de la Commonwealth.
Idi Amin Dada tomó el poder en un golpe de estado en 1971, conquistando un poder absoluto. Sus ocho años de dictadura estuvieron marcados por un declive económico, la desintegración social y masivas violaciones de los derechos humanos. El régimen finalizó con la lucha de liberación conjunta de Tanzania y Uganda.
En los años 90 han emergido acciones terroristas en el norte del país, pero el gobierno –a pesar de fuertes acusaciones de corrupción- es por ahora estable y el poder del ejército ha disminuido.
